不合法。辅导员无权在学生不在场时没收其财产，这侵犯了学生的合法财产权。《民法典》保护个人财产不受侵犯。
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常见的处理方式包括与学生协商、通过学校管理规定处理或报警等。建议先与学生沟通，了解其违规情况并劝导改正；若情节严重，可依据学校规定处理；若涉及违法，可选择报警处理。每种方式都应确保不侵犯学生的合法财产权，依据《民法典》等法律法规进行。
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从法律角度来看，处理学生财产问题应遵循正当程序。辅导员在学生不在时进入宿舍并没收财产，违反了《民法典》中关于个人财产保护的规定。正确的做法应是先与学生沟通，或在学生在场时进行处理，避免侵犯其合法权益。不及时纠正，可能会引发法律纠纷。