贷款时第三方机构收手续费合法。依据《中华人民共和国中小企业促进法》，中介服务费等受法律支持，不及时支付可能影响贷款进程或信用记录。
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贷款手续费需依法支付。操作如下：1.确认手续费项目及金额；2.核对是否符合《中小企业促进法》规定；3.合理则支付，不合理则与机构协商或寻求法律援助。
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处理贷款手续费问题，常见方式有支付或协商减免。若手续费合理且符合法规，应按时支付；若认为费用过高，可与机构协商调整或减免。