合同工资与实发工资不符，合同仍具法律效力，但需补充约定。依据《劳动合同法》，工资应如实填写，未详细约定可补充协议，否则易发生纠纷。若不及时处理，可能影响员工权益，造成劳动关系紧张。
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合同工资不符，应处理。操作如下：1.与公司协商，明确实际工资，并补充签订薪资确认单；2.若协商无果，可寻求劳动仲裁机构帮助，维护自身权益；3.保留工资发放记录等证据，以备不时之需。
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处理此类问题，常见方式为补充签订薪资确认单或协商修改合同。选择时，应优先考虑双方协商一致，确保补充协议或修改后的合同内容合法、明确，避免后续纠纷。