商业用地更改为商住两用需向自然资源主管部门申请并经批准。依据《土地管理法》，变更用地类型须经政府批准，否则属于违法用地，可能面临罚款、拆除等严重后果。城市规划区内还需城市规划部门同意。
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常见的处理方式为提交申请给自然资源主管部门，并等待审批。选择处理方式时，应确保资料齐全、符合规定，以便顺利获得批准。如涉及城市规划，还需先获得城市规划部门的同意。
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需申请变更。操作：1.准备相关材料，如土地使用权证、变更申请等；2.向自然资源主管部门提交申请；3.如在城市规划区内，需先获城市规划部门同意；4.等待自然资源主管部门及政府审批；5.获批后，办理相关手续，完成变更。